1912 yılında eğitime başlayan Makina Mühendisliği Bölümü, Robert Kolej mühendislik okulunun ilk kurulan bölümlerindendir. İlk yıllarında bölümün idari ofisleri, derslikleri ve laboratuvarları Gates Hall’da bulunmaktaydı. Bu binanın mimarı Michigan Üniversitesi Makina Mühendisliği Bölümü’nden Prof. Dr. John R. Allen olup binaya Robert Kolej'in üçüncü rektörü Caleb Gates'in adı verilmiştir. Allen hem mühendislik okulu binasının yapımıyla ilgilenmiş hem de ilk öğretim programının hazırlanmasında çalışmıştır. Ancak Allen Michigan Üniversitesi’nden sadece 1910-1912 yılları arasında izin almış olduğundan ders programına son şeklini vermesi için görevini Purdue Üniversitesi’nden Lynn Adolphus Scipio’ya devretmiştir. Scipio Robert Kolej’e 30 yılı aşkın bir süre hizmet ederek hem ders programlarının geliştirilmesi, hem öğretim üyelerinin alımı, hem de laboratuvarların kurulması aşamalarında çalışmıştır.
Mühendislik okulu 1957-58 akademik yılında Yüksek Okul statüsü almıştır. 1961 yılında ise Makina Mühendisliği Bölümü ilk yüksek lisans mezunlarını vermiştir. 1963 yılında Mühendislik Yüksek Okulu yeni yapılan binasına taşındı. Bu bina Perkins Hall olarak isimlendirildi. Bu ithaf, Robert Kolej Yönetim Kurulu başkanı George W. Perkins’in anısına yapılmıştır. Halen Makina Mühendisliği Bölümü’nün derslikleri ve idari ofisleri bu binada bulunmaktadır. Önceden Mühendislik Binası olarak kullanılan Gates Hall artık Genel İdare Binası olarak anılmakta olup bünyesinde Kayıt İşleri Ofisi'ni, Yaz Dönemi Ofisi'ni, Öğrenci İşleri Ofisi'ni ve Burs Ofisi'ni barındırmaktadır.
1960’lı yıllarda Robert Kolej mali sıkıntılarla boğuşmaktaydı. Bu sıkıntılar aşılamayınca 1971 yılında Robert Kolej Türkiye Cumhuriyeti’ne devredilerek adı Boğaziçi Üniversitesi olarak değiştirilmiştir. 1973 yılında Makina Mühendisliği Bölümü’nün bazı öğretim üyeleri Nükleer Mühendislik ve Endüstri Mühendisliği bölümlerinin kurulmasına önayak olmuştur. 1978 yılında ise Makina Mühendisliği Bölümü ilk doktora mezununu vermiştir.
1980’lerin başına kadar sadece Güney Kampüs’te yer alan Makina Mühendisliği Bölümü, Kuzey Kampüs’ün inşaatı ile genişleme fırsatı bulmuştur. Perkins Hall’da bulunan Makina Mühendisliği Bölümü laboratuvarları 1984 yılında Kuzey Kampüs’te inşa edilen Kare Blok’a taşınmıştır. Günümüzde bölüm laboratuvarlarının çoğu bu binadadır. Öte yandan bazı yeni kurulan laboratuvarlarımız ise 2008 yılında Kuzey Kampüs’te inşa edilen Yeni Bina’nın zemin katında bulunmaktadır.
Makina Mühendisliği Bölümü, fakültenin diğer bölümleriyle beraber 1998 yılında ABET (Accreditation Board of Education in Technology) sertifikası alarak bu bölümde verilen eğitimin uluslararası düzeyde olduğunu belgelendirmiştir. ABET sertifikası 2004, 2010 ve 2015 yıllarında yenilenmiştir.
Bölüm Başkanları:
Aydın Umur (1968-1973)
Akın Tezel (1973-2001)
Öktem Vardar (2001-2004)
Günay Anlaş (2004-2016)
Kunt Atalık (2016-2023)
Çetin Yılmaz (2023-)
